类似于一个较早的问题“将标题添加到列表文本文件中的列”

啤酒

我正在尝试将一些标头添加到txt文件中。其实我已经找到了一个脚本,但是我想编辑它的一部分。脚本(如果您愿意,也可以在这里找到它:https : //ucdavis-bioinformatics-training.github.io/2017-June-RNA-Seq-Workshop/thursday/counts.html):

for x in 03-alignment/*/*ReadsPerGene.out.tab; do \
    s=`basename $x | cut -f1 -d_`
    echo $s
done | paste -s > header.txt

问题是我想“粘贴-s”,但不是从第一列开始,而是从第二列开始。我认为完成了| awk $ 2 | 粘贴-s | header.txt可能有帮助,但没有帮助。

有什么想法可以直接从第二列开始添加标题吗?

因此,使用上面的脚本,我将获得此输出。

L004_AQAU-19 L004_AQAU-20 L004_AQAU-21 etc. 
ALOMY0G001 0 0 
ALOMY0G002 0 10 
ALOMY0G003 20 15 
ALOMY0G004 4 5 etc. 

但是我想拿

        L004_AQAU-19  L004_AQAU-20  etc.
ALOMY0G001  0   0   
ALOMY0G002  0   10
ALOMY0G003  20  15
ALOMY0G004  4   5
etc.
希尔克·瓦林加(Hielke Walinga)

您可以利用cut制表符分隔的单词行获取范围。

... paste -s | cut -f2- > header.txt

如果您想跳过第一列,(第一列没有标题,只需在开始处插入一个空白标签即可。

... paste -s | sed 's/^/\t/' > header.txt

在这里我sed用来替换某些东西。您可以像s/A/B/g用B代替A一样进行替换。(g表示每行是否必须执行多次。)这些“模式”是正则表达式(regex)。对于正则表达式^是这一行的开始。所以在这里,我将^(行的开头)替换为\t(制表符)。paste默认情况下使用制表符,paste -d, -s例如使用逗号。)

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