我有一些数据要写入文件中的特定位置。每个职位都以数组的形式给我。目前,我通过使用mpi_file_write_at在特定位置写入每个变量来编写它们。位置既不是连续的也不是有序的,因此程序会在文件中来回移动。
DO I=1,SIZE(VALUES)
POS=ALL_POS(I)
VAL=VALUES(I)
CALL MPI_FILE_WRITE_AT(FH,POS,VAL,1,MPI_REAL,MPI_STATUS_IGNORE,IERR)
END DO
但是我知道,推荐的具有良好性能的方法是使用文件视图和集体编写例程。因此,我认为解决方案将是创建一个mpi_type_indexed并将数组ALL_POS用作位移数组。然后使用此类型通过mpi_file_set_view描述文件。但是,当我这样做时,每次不对数组进行排序时,程序都会崩溃。
下面是一个重现我的问题的最小示例。该程序可以编译但存在段错误。如果将DISPLACEMENTS(3)的值更改为优于DISPLACEMENTS(2)的值,则程序将运行而不会出现任何问题。(对于某些低于DISPLACEMENTS(2)的值,例如99,有时似乎也可以使用)
那么是否可以创建具有无序位移数组的索引类型并将其用作视图?我在文档中找不到相反的说法。唯一的限制似乎在blocklenghts数组上,该数组只能是正整数。
PROGRAM INDEXED
USE MPI
IMPLICIT NONE
REAL :: A(0:15)
INTEGER :: INDEXTYPE,FH,IERR
DATA A /1.0, 2.0, 3.0, 4.0, 5.0, 6.0, 7.0, 8.0,
& 9.0, 10.0, 11.0, 12.0, 13.0, 14.0, 15.0, 16.0 /
INTEGER(KIND=MPI_OFFSET_KIND) :: OFFSET
CALL MPI_INIT(IERR)
CALL CREATE_DATARES_TYPE(INDEXTYPE)
CALL MPI_FILE_OPEN(MPI_COMM_WORLD, "TEST",
& MPI_MODE_RDWR+MPI_MODE_CREATE,
& MPI_INFO_NULL,FH,IERR)
CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)
OFFSET=0
CALL MPI_FILE_SET_VIEW(FH, OFFSET,MPI_REAL,
& INDEXTYPE,'NATIVE',
& MPI_INFO_NULL, IERR)
CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)
CALL MPI_FILE_WRITE(FH,A,SIZE(A),MPI_REAL,
& MPI_STATUS_IGNORE,IERR)
CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)
CALL MPI_FILE_CLOSE(FH,IERR)
CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)
CALL MPI_FINALIZE(IERR)
END PROGRAM INDEXED
SUBROUTINE CREATE_DATARES_TYPE(DATARES_TYPE)
USE MPI
IMPLICIT NONE
INTEGER, INTENT(OUT) :: DATARES_TYPE
INTEGER :: IERR, N
INTEGER, ALLOCATABLE :: BLOCKLENS(:), DISPLACEMENTS(:)
N=3
ALLOCATE(BLOCKLENS(N))
ALLOCATE(DISPLACEMENTS(N))
BLOCKLENS(1) = 1
BLOCKLENS(2) = 3
BLOCKLENS(1) = 1
DISPLACEMENTS(1) = 2
DISPLACEMENTS(2) = 100
DISPLACEMENTS(3) = 51
CALL MPI_TYPE_INDEXED(N, BLOCKLENS, DISPLACEMENTS,
& MPI_REAL, DATARES_TYPE, IERR)
CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)
CALL MPI_TYPE_COMMIT(DATARES_TYPE, IERR)
CALL MPI_CHECK_CALL(IERR)
DEALLOCATE(BLOCKLENS)
DEALLOCATE(DISPLACEMENTS)
END SUBROUTINE
SUBROUTINE MPI_CHECK_CALL(IERR)
USE MPI
IMPLICIT NONE
INTEGER, INTENT(IN) :: IERR
INTEGER :: NERR, RESULTLEN
CHARACTER(LEN=MPI_MAX_ERROR_STRING) :: SERR
IF(IERR /= MPI_SUCCESS) THEN
CALL MPI_ERROR_STRING(IERR,SERR,RESULTLEN,NERR)
WRITE(*,*)SERR
CALL BACKTRACE
END IF
END SUBROUTINE
派生的数据类型构造中存在错误。
它应该是
BLOCKLENS(1) = 1
BLOCKLENS(2) = 3
BLOCKLENS(3) = 1
代替
BLOCKLENS(1) = 1
BLOCKLENS(2) = 3
BLOCKLENS(1) = 1
然后,该测试对于ompio
和romio314
组件都可以正常工作。
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