我有一个距离矩阵,我对其进行了标准化,使用 python 正则表达式修剪了行和列标题,并尝试使用以下代码从中制作一个聚集热图:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import seaborn as sns
df = pd.read_csv('distance_matrix_Mult_Align(distance).csv', index_col=0)
row_sums = df.sum(axis=1)
new_matrix = df / row_sums[:, np.newaxis]
def acc_id(s):
import re
match = re.search('\|(.*)\|', s)
if match:
return match.group(1)
sns.clustermap(new_matrix.rename(columns=acc_id, index=acc_id),
row_cluster=False,
xticklabels=True,
yticklabels=True,
cmap='RdBu',
center=0,
vmin=0,
vmax=1)
plt.figure()
plt.show
我的集群地图看起来像这样:我试图阅读 clustermap 和 pyplot 的文档:https : //seaborn.pydata.org/generated/seaborn.clustermap.html https://matplotlib.org/stable/api/_as_gen/ matplotlib.pyplot.figure.html#matplotlib.pyplot.figure但我似乎无法理解如何使情节看起来有用。我真的很感激任何帮助。谢谢!
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