Snakemake：访问输入函数返回的列表的特定元素

阿蒂博

在我的 snakemake 工作流程中，我定义了一个函数，该函数使用之前在工作流程中生成的文件，对其进行解析并返回一个包含 2 个元素的列表，例如：

def get_param_value(wildcards) :
    with open('file_from_workflow_using_wildcards') as file :
        # do stuff
        return ["element1","element2"]

然后我想params在后续规则中独立使用返回列表的每个值，例如：

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = "element1", # First element of the list returned by get_param_value function
        param2 = "element2" # Second element of the list returned by get_param_value function
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

我已经尝试在规则中直接使用该函数，

params :
    param1 = get_param_value[0],
    param2 = get_param_value[1]

但我得到一个TypeError : 'function' object is not subscriptable（这是预期的，因为它是一个函数）。

你有解决方法吗？

阿蒂博

经过一番修补并感谢Mario Abbruscato的建议，我想出了一个解决方案。我改变了两件事：

我将函数返回的列表存储在一个对象中并返回此对象，而不是直接返回列表：

def get_param_value(wildcards) :
    with open('file_from_workflow_using_wildcards') as file :
        # do stuff
        params_list = ["element1","element2"]
        return params_list

我params在规则的指令中使用了 lambda 函数来提取列表的元素并将它们分配给不同的参数：

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = lambda wildcards : get_param_value(wildcards)[0],
        param2 = lambda wildcards : get_param_value(wildcards)[1]
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

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