我有两个数据框competitor_sheet和left_join_prototype，我将它们分别称为 df1 和 df2， df1 和 df2 分别包含有关基因和疾病 ID 的信息，如下所示：
df1：
| HUGO_symbol | MeSH_ID |
|---|---|
| P53 | D000310 |
| A1BG | D0002277 |
| ZZZ3 | D000230 |
df2：
| 基因名称 | 父级MeSH.ID | 子代号 |
|---|---|---|
| P53 | D000310 | D015675、D006676 |
| HGA2 | D031031 | D002277 |
| ZZZ3 | D001163, D000230 | D003451 |
如您所见，df2 可能在父和子 MeSH ID 中包含多个 ID。本质上，如果子代或父代中的任何 MeSH ID 对应于 df1 中的 MeSH ID，我想要做的是将 df2 中的任何行左连接到 df1，但仅当 Gene.Name = HUGO_symbol 时，最终产品应该看起来像这样：
| HUGO_symbol | MeSH_ID | 基因名称 | 父.Mesh.ID | 子代号 |
|---|---|---|---|---|
| P53 | D000310 | P53 | D000310 | D015675、D006676 |
| ZZZ3 | D000230 | ZZZ3 | D001163、D00230 | D003451 |
我已经尝试过使用 dplyr 的东西，看起来像这样：
proto <- left_join(df1,df2, by = c("MeSH_ID"="Parent.MeSH.ID", "HUGO_Symbol"="Gene.Name", "MeSH_ID2"="Child.MeSH.ID"))proto新桌子在哪里，但我觉得这是错误的。
与往常一样，非常感谢任何帮助:)
问题是 left_join 寻找完全匹配，没有什么像“匹配这个或那个”。因此，要达到您想要的结果，您可以
Parent.MeSH.ID和Child.MeSH.ID放入一个新列MeSH_IDtidyr::separate_rows。这样做可以通过 ID 加入 df。semi_join过滤掉 df1 中与新创建的 df3 中匹配的行，最后执行 aleft_join添加来自 df3 的列。或者，如果保留两者都无关紧要HUGO_symbol，Gene.Name您可以使用inner_join.df1 <- data.frame(
stringsAsFactors = FALSE,
HUGO_symbol = c("P53", "A1BG", "ZZZ3"),
MeSH_ID = c("D000310", "D0002277", "D000230")
)
df2 <- data.frame(
stringsAsFactors = FALSE,
Gene.Name = c("P53", "HGA2", "ZZZ3"),
Parent.MeSH.ID = c("D000310", "D031031", "D001163, D000230"),
Child.MeSH.ID = c("D015675, D006676", "D002277", "D003451")
)
library(dplyr)
library(tidyr)
df3 <- df2 %>%
unite("MeSH_ID", Parent.MeSH.ID, Child.MeSH.ID, sep = ", ", remove = FALSE) %>%
separate_rows(MeSH_ID, sep = ", ")
semi_join(df1, df3, by = c("HUGO_symbol" = "Gene.Name", "MeSH_ID")) %>%
left_join(df3)
#> Joining, by = "MeSH_ID"
#> HUGO_symbol MeSH_ID Gene.Name Parent.MeSH.ID Child.MeSH.ID
#> 1 P53 D000310 P53 D000310 D015675, D006676
#> 2 ZZZ3 D000230 ZZZ3 D001163, D000230 D003451
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