如何处理R版本更新导致的命令问题？

我是R的新手，最近不知不觉把电脑上的R从4.0.2升级到了4.0.3。在我用 4.0.3 成功替换旧的并再次安装所有相关包后，我最终意识到我在 4.0.2 版本中编写的命令在 4.0.3 环境中不起作用。（我的死对头大家应该都很熟悉了，可惜最近才知道真相）以下是我的问题。第一，如果命令在版本之间不兼容，哪个是原因，更新的包还是更新的 R？其次，我/您可以如何以及在哪里修改升级代码？

我一直在做的是读取台湾的shapefile来获取地图。下面是不兼容的代码，它们都是用 R 4.0.2 格式编写的：

Shapefile <- readOGR(dsn = "directory", layer = "Popn_TWN2")

### Warning message:
In OGRSpatialRef(dsn, layer, morphFromESRI = morphFromESRI, dumpSRS = dumpSRS,  :
  Discarded datum Taiwan_Datum_1997 in CRS definition: +proj=tmerc +lat_0=0 +lon_0=121 +k=0.9999 +x_0=250000 +y_0=0 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs

第二个：（“表”是一个包含地理数据的数据框，将被转换为与上面Shapefile相同的坐标系）

assign("table", spTransform(tableData, CRS("+proj=tmerc +lat_0=0 +lon_0=121 +k=0.9999 +x_0=250000 +y_0=0 +ellps=GRS80 +towgs84=0,0,0,0,0,0,0 +units=m +no_defs")))

### Warning message:
In showSRID(uprojargs, format = "PROJ", multiline = "NO", prefer_proj = prefer_proj) :
  Discarded datum Unknown based on GRS80 ellipsoid in CRS definition

最后一个，它打算计算Shapefile上表的重叠数：

assign("over", table(over(table, Shapefile)$TOWN))

### Error in .local(x, y, returnList, fn, ...) : 
  identicalCRS(x, y) is not TRUE

所以，我正在寻找的是在命令和可能的解决方案中识别错误。如果我的描述不够充分，请告诉我。