折叠数据框中的列（R）

基本上，我有一个数据框df

                  Beginning1 Protein2    Protein3    Protein4    Biomarker1
      Pathway3    A         G           NA           NA           F
      Pathway8    Z         G           NA           NA           E
      Pathway9    A         G           Z            H            F
      Pathway6    Y         G           Z            H            E
      Pathway2    A         G           D            NA           F
      Pathway5    Q         G           D            NA           E
      Pathway1    A         D           K            NA           F
      Pathway7    A         B           C            D            F
      Pathway4    V         B           C            D            E

而且我想合并数据框，以使从“ Protein2”到“ Protein4”相同的那些行是压缩的，给出以下内容：

            Beginning1 Protein2     Protein3     Protein4     Biomarker1
Pathway3    A,Z         G           NA           NA           F,E
Pathway9    A,Y         G           Z            H            F,E
Pathway2    A,Q         G           D            NA           F,E
Pathway1    A           D           K            NA           F
Pathway7    A,V         B           C            D            F,E

这与我之前提出的问题（在数据帧中合并重复的行）非常相似，但是不同之处在于我也在合并“ Beginning1”行。

到目前为止，我已经尝试过：

library(dat.table)
dat<-data.table(df)

Total_collapse <- dat[, .(
Biomarker1 = paste0(Biomarker1, collapse = ", ")),
by = .(Beginning1, Protein1, Protein2, Protein3)]

Total_collapse <- dat[, .(
Beginning1 = paste0(Beginning1, collapse = ", ")),
by = .(Protein1, Protein2, Protein3)]

它给出了输出：

            Beginning1  Protein2    Protein3      Protein4      Biomarker1
Pathway3    G           NA           NA           F,E
Pathway9    G           Z            H            F,E
Pathway2    G           D            NA           F,E
Pathway1    D           K            NA           F
Pathway7    B           C            D            F,E

有谁知道如何解决这个问题？我也尝试过将解决方案从Collapse / concatenate / aggregation汇总到每个组中单个逗号分隔的字符串，但是没有成功。

很抱歉，如果这是一个简单的错误-我是R的新手。