按名称提取节点

简·斯坦斯特鲁普

我正在尝试使用xml2解析XML文件。但是我一生无法通过指定名称来弄清楚该如何做。

这有效:

library(xml2)
library(dplyr)

xml <- read_xml(file)

->

> xml
{xml_document}
<indexedmzML schemaLocation="http://psi.hupo.org/ms/mzml http://psidev.info/files/ms/mzML/xsd/mzML1.1.2_idx.xsd" xmlns="http://psi.hupo.org/ms/mzml" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
[1] <mzML xmlns="http://psi.hupo.org/ms/mzml" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://psi.hupo.org/ms/mzml  ...
[2] <indexList count="2">\n  <index name="spectrum">\n    <offset idRef="scanId=3027">15181</offset>\n    <offset idRef="scanId=3524">30052</offset> ...
[3] <indexListOffset>73363063</indexListOffset>
[4] <fileChecksum>b8f69d6276d9c4929e74416bc9e3446a173d1894</fileChecksum>

而且我可以通过位置和xpath来提取位置:

xml_child(xml, 1) %>% xml_child(7) %>% xml_attr("startTimeStamp")

_

xml_child(xml, "/*[1]/*[7]") %>% xml_attr("startTimeStamp")



但是,我尝试按名称选择的尝试失败了。

> xml_child(xml, "indexedmzML")
{xml_missing}
<NA>
> xml_child(xml, "mzML")
{xml_missing}
<NA>

> xml_child(xml, "/indexedmzML")
{xml_missing}
<NA>
> xml_child(xml, "/mzML")
{xml_missing}
<NA>

> xml_child(xml, "/mzML/run")
{xml_missing}
<NA>



能否以某种方式将我引向逃避我的解决方案?



编辑:

好的,这是一个数据示例。有了这些数据,我想要的是

xml_child(xml, 1) %>% xml_child(2) %>% xml_attr("startTimeStamp")

但按名称选择。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<indexedmzML xmlns="http://psi.hupo.org/ms/mzml" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://psi.hupo.org/ms/mzml http://psidev.info/files/ms/mzML/xsd/mzML1.1.2_idx.xsd">
  <mzML xmlns="http://psi.hupo.org/ms/mzml" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://psi.hupo.org/ms/mzml http://psidev.info/files/ms/mzML/xsd/mzML1.1.0.xsd" id="0001_LIP1p_20150803_008_CHCl3-MeOH_1_1" version="1.1.0">

      <dataProcessing id="pwiz_Reader_Agilent_conversion">
        <processingMethod order="0" softwareRef="pwiz">
          <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000544" name="Conversion to mzML" value=""/>
        </processingMethod>
        <processingMethod order="1" softwareRef="pwiz">
          <cvParam cvRef="MS" accession="MS:1000035" name="peak picking" value=""/>
          <userParam name="Agilent/MassHunter peak picking"/>
        </processingMethod>
      </dataProcessing>

    <run id="_x0030_001_LIP1p_20150803_008_CHCl3-MeOH_1_1" defaultInstrumentConfigurationRef="IC1" startTimeStamp="2015-08-03T14:34:14Z" defaultSourceFileRef="MSScan.bin">

    </run>
  </mzML>
</indexedmzML>
罪魁

如果startTimeStamp要从XML文件中提取所有值,则可以执行以下操作:

xml %>% xml_find_all("//@startTimeStamp") %>% xml_text()

编辑:

如果要按名称选择它,则需要担心名称空间。

确实,

xml %>% xml_child("mzML")

将返回

{xml_missing}
<NA>

您首先需要检查与XML文件关联的名称空间:

xml_ns(xml)
# d1   <-> http://psi.hupo.org/ms/mzml
# d2   <-> http://psi.hupo.org/ms/mzml
# xsi  <-> http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance
# xsi1 <-> http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance

因此您需要使用:

xml %>% xml_child("d1:mzML")

有关您感兴趣的属性的完整路径,请执行以下操作:

xml %>% xml_child("d1:mzML") %>% xml_child("d1:run") %>% xml_attr("startTimeStamp")

的文档xml_ns()提供了更多信息,并鼓励您使用更多信息性名称重命名命名空间。

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