根据特定条件在DataFrame中包含/排除行

我有大量数据，其中包含许多个体的病理学测试数据。我提供了按比例缩小的数据集，描述了案件的类型。

library(plyr)
library(tidyr)
library(dplyr)
library(lubridate)

options(stringsAsFactors = FALSE)
dat <- structure(list(PersID = c("am1", "am2", "am2", "am3", "am3", "am4", "am4", "am4", "am4", "am4", "am4"), Sex = c("M", "F","F", "M", "M", "F", "F", "F", "F", "F", "F"), DateTested = c("21/10/2015", "9/07/2010", "24/09/2010", "23/10/2013", "25/10/2013", "28/04/2010", "23/06/2010", "21/07/2010", "20/10/2010", "4/03/2011", "2/12/2011"), Res = c("NR", "R", "R", "NR", "R", "R", "R", "R", "R", "R", "R"), Status = c("Yes", "No", "No", "Yes", "Yes", "No", "No", "No", "No", "No", "No"), DateOrder = c(1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L)), .Names = c("PersID", "Sex", "DateTested", "Res", "Status", "DateOrder"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -11L))

数据描述了三种类型的人（1）仅具有单个结果的人（2）具有2个结果的人，以及（3）具有许多结果的人。

我的目标是提出一个脚本，该脚本将根据一组条件仅包含针对个人的行。从技术上讲，这是一种仅对个体的行进行计数的方法，前提是其后续结果在指定的重新感染期限（30天）内。

我已将数据转换为列表，并向其传递了许多函数以开始处理数据。

dat$DateTested <- dmy(dat$DateTested)
datList <- dlply(.data=dat, .variables=c('PersID'))

到目前为止，我所做的是：

选择所有每人只有一个结果的行

fnSingleTests <- function(y){
    y <- y[length(y$DateOrder)==1,]
}

singleTests <- ldply(datList, fnSingleTests, .id = NULL)

将数据框转换为列表并传递一个函数，该函数确定（a）在30天的再感染期内每人是否有两行，然后选择第一行，以及（b）如果每人有两行以上，最后一条记录和第一条记录都在30天内，请保留第一条记录。

fnMultiTests <- function(y){
    y <- y[length(y$DateOrder) > 1,]
}

multiTests <- llply(datList, fnMultiTests)

fnMultiTestsSplit <- function(y){

    test <- difftime(y$DateTested[length(y$DateTested)], y$DateTested[1], units='days')


    if (nrow(y) <=2){

        if (test < 31){
            y <- y[y$DateOrder == 1, ]
            y <- y[!is.na(y$PerdID), ]
        } else {
            y <- y[y$DateOrder %in% 1:2, ]
            y <- y[!is.na(y$PersID), ]
        }

    } else  {
        if (test < 31){
            y <- y[y$DateOrder == 1, ]
            y <- y[!is.na(y$PersID), ]
        } else {
            break()
        }

    }
}

finalTests <-  ldply(multiTests, failwith(NULL, fnMultiTestsSplit, quiet = TRUE), .id = NULL)

然后，我可以将数据框与rbind结合使用：

allFinalTests <- rbind(singleTests, finalTests)

我受困的地方是每人多于两排的情况，并且在连续的排内可能存在一段时间，其时间大于30天的再感染时间。

谁能建议我如何扩展此代码，以PersID仅包括两个以上的案例，然后仅包含在30天再感染期之后发生后续案例的结果。

具体而言，从最旧的案例开始，如果下一个案例在30天内，则排除第二个案例，或者如果第二个案例距上一个案例超过30天，则包括这两个案例。它应该在所有情况下都这样做PersID

在此示例中，我正在寻找的最终输出是：

PersID  Sex DateTested  Res Status  DateOrder
am1 M   21/10/2015  NR  Yes 1
am2 F   9/07/2010   R   No  1
am2 F   24/09/2010  R   No  2
am3 M   23/10/2013  NR  Yes 1
am4 F   28/04/2010  R   No  1
am4 F   23/06/2010  R   No  2
am4 F   20/10/2010  R   No  4
am4 F   4/03/2011   R   No  5
am4 F   2/12/2011   R   No  6