是否可以使用PHPUnit对除类文件以外的php文件进行单元测试？

当然，您可以绝对测试其他PHP脚本。

class MyScriptTest extends PHPUnit_Framework_TestCase {
    public function testMyFunction() {
        include_once 'path/to/script.php';
        $result = someFunction();

        $this->assertEquals('expected result', $result);
    }
}

因此，编写PHPUnit测试类，并在测试中运行您想要测试的任何代码并对其进行断言。