如何在PyCharm中将RDKit添加到项目中?

安娜·李申(Anna Lischen)

因此,我试图将RDKit添加到我在PyCharm中的项目中。我发现,如果您使用的是口译员,/usr/bin/python2.7PyCharm会尝试使用安装程序pip而RDKit需要conda我尝试将解释器更改为conda,但是RDKit不在列表中,或者它无法使用存储库打开URL。有谁知道该如何解决?

顺便说一句,是否可以在安装东西的同时让解释器/usr/bin/python2.7使用其他任何东西(不是pip)?

安娜·李申(Anna Lischen)

我终于找到了执行该操作的方法,这并不困难:

  1. 安装conda;
  2. 请按照以下说明安装RDKit
  3. 可以这样进入PyCharm中的首选项:

在此处输入图片说明

或这样(您需要用扳手):

在此处输入图片说明

  1. 在项目解释器中,选择:〜/ anaconda / envs / my-rdkit-env / bin / python

  2. 确保您将相应的python路径添加或更新到PATH,否则将无法正常工作。

测试:

  1. 尝试安装fiona-成功,因此对安装没有影响;
  2. 尝试了简单的代码:print('HELLO WORLD!')-工作
  3. 尝试过的rdkit代码

        from rdkit import Chem
    
    
        m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
    
        print(m)
    

工作,日志: <rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x101125080>

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