我们java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space在运行 MetaMap（使用 Java API 和 UIMA 包装器）时不断遇到错误。
不幸的是，日志的信息量并不大，所以我们不知道它在哪个文件上呕吐。
过去，当 MetaMap 遇到管道 ( |) 符号时，我们遇到过创建巨大圆形注释的问题。但是，我们使用的文件集（MIMIC 注释）不包含任何管道符号。是否有其他字符可能表现出与管道符号类似的行为？
我们可以增加系统 RAM 来规避堆空间问题（实际上无法使用最大设置堆，设置为 6 GB，因为系统 RAM 是有限的），但我们更想知道是什么导致了问题，尤其是从那时起，输出文件的大小更易于管理。
* 编辑 *
澄清一下：我们增加了 JVM 的内存资源，这确实有助于实际推送数据（这是在本地 VM 上测试的）。MetaMap 的问题在于它创建了大量的循环注释，这些注释会占用 JVM 资源（并且在我们当前的系统上，OS RAM 不是最佳的）。
正如我在下面的评论中所指出的，我们对文件进行了预处理，以去除任何会引发错误的字符。不过，堆空间错误有点烦人，因为与我们遇到的其他错误（例如，围绕一个单独句点的空间，如text . text）不同，这些错误只会抛出一个解析错误以及抛出错误的文本。对于管道符号，我们通过增加 RAM（在我们最初测试的 VM 上）然后查看 UIMA 查看器中的注释来找到它。我们能够识别有问题的文件，因为带有循环注释的 XMI 的输出文件大小非常大。
我们再次在 VM 上运行一些测试以查看我们是否可以识别问题，但是如果有人有 MetaMap 经验来帮助我们识别任何问题字符或字符序列，那将是可取的。
* 编辑 2 *
内存应该不是问题。我们正在使用export JAVA_TOOL_OPTIONS='-Xms2G -Xmx6G -XX:MinHeapFreeRatio=25 -XX:+UseG1GC'
我们正试图解决循环注释的一个基本问题。这是在吞噬资源和呕吐。
解决方案有两个：
有一个需要设置的 UIMA JVM 环境变量，如 export UIMA_JVM_OPTS="-Xms128M -Xmx5g"
其次，有一个 MetaMap 开关，可以减少创建注释的递归深度（在 MetaMapApiAE.xml 配置文件中）：
<configurationParameterSettings>
... previous settings omitted ...
<nameValuePair>
<name>metamap_options</name>
<value>
<string>--prune 30</string>
</value>
</nameValuePair>
</configurationParameterSettings>
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