我正在尝试执行一个需要两个输入文件的命令，这两个文件都特定于每个样本。我的解决方案是使用两个 for 循环：
FILES=testgroup/*split.bam
TARGETS=testgroup/*intervals
for f in $FILES
do
for t in $TARGETS
do
IndelRealigner -Input1 $f Input2 $t Output $f.realigned.bam
done
done
但是当我在第二个 for 循环 ($t) 上执行这个 bash 循环时，第一个是常量，然后重复循环。
我需要同时循环输入（即 $f Sample1 和 $t Sample1、$f Sample2 和 $t Sample2）。
谢谢你的帮助。
编辑：
示例示例名称和相关的输入文件：
D8.1.112.fastqAligned.out.sam.rg_added_sorted.bam.dedup.bam.split.bam D8.1.112.fastqAligned.out.sam.rg_added_sorted.bam.dedup.bam.split.bam.intervals
同时，我已将两组文件移动到一个新目录中，以查看是否可以在单个数组中指定两个组？我不知道如何做到这一点。迄今为止：
files=testgroup/newdir
for f in $files
do
for t in $files
do
IndelRealigner -Input1 $f Input2 $t Output $f.realigned.bam
done
done
任何进一步的帮助表示赞赏！
一种可能的解决方案：首先将文件和目标读入数组。然后使用一个循环同时迭代两个数组：
#!/bin/bash
files=($(ls testgroup/*split.bam))
targets=($(ls testgroup/*intervals))
len=${#files[@]}
for ((i=0;i<$len;i++))
do
IndelRealigner -Input1 "${files[$i]}" Input2 "${targets[$i]}" Output "${files[$i]}".realigned.bam
done
但请记住：只有当目标与文件一样多时，这才有效。
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