在Shell脚本中,如何结合使用Rscript和Unix命令?

用户1398057:

我目前正在尝试将R文件作为Rscript文件运行。我在script.sh文件中包含以下代码

#!/bin/bash
cd documents
module load r

#!/usr/bin/env Rscript
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")

但是,似乎使用运行了此qsub script.sh命令,它又返回错误,提示无法识别多个命令。我做错了吗?谢谢!

马修·伦德伯格(Matthew Lundberg):

我认为您正在外壳中寻找“此处的文档”。这样可以将文本传递给另一个解释器。例如:

#!/bin/bash
cd documents
module load r

/usr/bin/env Rscript -<<EOF
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")
EOF

在这里,Rscript称为(从/usr/bin/env),在标准输入上,所有后续行都经过,直到看到标记(在此为EOF)。

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