qstat和长作业名称

阿德林：

如何获得qstat完整的工作名称？

我知道可以qstat -r提供有关该任务的详细信息，但是它太多了，并且包括了资源需求。

该qstat -r输出是这样的：

 131806 0.25001 tumor_foca ajalali      qw    09/29/2014 15:49:41                                    1 2-100:1
       Full jobname:     tumor_focality-TCGA-THCA-ratboost_linear_svc
       Hard Resources:   distribution=wheezy (0.000000)
                         h_rt=72000 (0.000000)
                         mem_free=15G (0.000000)
                         h_vmem=15G (0.000000)
                         h_stack=256M (0.000000)
       Soft Resources:   
 131807 0.25001 vital_stat ajalali      qw    09/29/2014 15:49:41                                    1 2-100:1
       Full jobname:     vital_status-TCGA-LGG-ratboost_linear_svc
       Hard Resources:   distribution=wheezy (0.000000)
                         h_rt=72000 (0.000000)
                         mem_free=15G (0.000000)
                         h_vmem=15G (0.000000)
                         h_stack=256M (0.000000)
       Soft Resources:

现在，我唯一的选择是根据grep需要输出：

$ qstat -r | grep "Full jobname" -B1
--
 131806 0.25001 tumor_foca ajalali      qw    09/29/2014 15:49:41                                    1 2-100:1
       Full jobname:     tumor_focality-TCGA-THCA-ratboost_linear_svc
--
 131807 0.25001 vital_stat ajalali      qw    09/29/2014 15:49:41                                    1 2-100:1
       Full jobname:     vital_status-TCGA-LGG-ratboost_linear_svc

有更好的输出可以做得更好吗？

mabahj：

这个有点混乱，但是它作为命令历史中的一个简单解决方案。所有标准工具。输出与从普通qstat调用中获得的输出几乎相同，但不会获得标头：

单线：

qstat -xml | tr '\n' ' ' | sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g' \
  | sed 's#<[^>]*>##g' | grep " " | column -t

命令说明：

将作业列为XML：

qstat -xml

删除所有换行符：

tr '\n' ' '

在列表中的每个作业条目之前添加换行符：

sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g'

删除所有XML内容：

sed 's#<[^>]*>##g'

hack最后添加换行符：

grep " "

列化：

column -t

输出示例

351996  0.50502  ProjectA_XXXXXXXXX_XXXX_XXXXXX                user123  r   2015-06-25T15:38:41  [email protected]  1
351997  0.50502  ProjectA_XXX_XXXX_XXX                         user123  r   2015-06-25T15:39:26  [email protected]  1
351998  0.50502  ProjectA_XXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX              user123  r   2015-06-25T15:40:26  [email protected]  1
351999  0.50502  ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX          user123  r   2015-06-25T15:42:11  [email protected]  1
352001  0.50502  ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX    user123  r   2015-06-25T15:42:11  [email protected]  1
352008  0.50501  runXXXX69                                     usr1     r   2015-06-25T15:49:04  [email protected]  1
352009  0.50501  runXXXX70                                     usr1     r   2015-06-25T15:49:04  [email protected]  1
352010  0.50501  runXXXX71                                     usr1     r   2015-06-25T15:49:04  [email protected]  1
352011  0.50501  runXXXX72                                     usr1     r   2015-06-25T15:49:04  [email protected]  1
352012  0.50501  runXXXX73                                     usr1     r   2015-06-25T15:49:04  [email protected]  1
352013  0.50501  runXXXX74                                     usr1     r   2015-06-25T15:49:04  [email protected]  1