我有一个数据表，其中包含各种基因组位置的数据。这些位置以3元组（“染色体”，“ srand”，位置）表示，我已经将其转换为多索引。我的目标是查找有关每个位置的各种信息，并将其添加到表中（例如基因名称等）。我可以使用pybedtools做到这一点。
df = pd.DataFrame(data={'A':range(1,8), 'B':range(1,8), 'C': range(1,8)},
index=pd.MultiIndex.from_tuples([('chrom1', '-', 1234), ('chrom1', '+', 5678),
('chrom1', '+', 9876), ('chrom2', '+', 13579), ('chrom2', '+', 8497), ('chrom2', '-', 98765),
('chrom2', '-', 76856)]))
df.index.rename(['chrom','strand','abs_pos'], inplace=True)
A B C
chrom strand abs_pos
chrom1 - 1234 1 1 1
+ 5678 2 2 2
9876 3 3 3
chrom2 + 13579 4 4 4
8497 5 5 5
- 98765 6 6 6
76856 7 7 7
我的问题是向具有多索引的数据框添加列。没有多索引，这似乎很简单：pandas-从字典向数据框添加新列
我有一个查询信息字典，其中包含与多索引相对应的三元组键。如何将这些数据添加为新列？
gene_d = {('chrom1', '-', 1234) : 'geneA', ('chrom1', '+', 5678): 'geneB',
('chrom1', '+', 9876): 'geneC', ('chrom2', '+', 13579): 'geneD',
('chrom2', '+', 8497): 'geneE', ('chrom2', '-', 98765): 'geneF',
('chrom2', '-', 76856): 'geneG'}
我已经尝试过地图，但似乎无法弄清楚如何使其与多索引一起使用以产生以下结果：
A B C
chrom strand abs_pos gene
chrom1 - 1234 geneA 1 1 1
+ 5678 geneB 2 2 2
9876 geneC 3 3 3
chrom2 + 13579 geneD 4 4 4
8497 geneE 5 5 5
- 98765 geneF 6 6 6
76856 geneG 7 7 7
向量化方法：
df['gene'] = df.index #you get the index as tuple
df['gene'] = df['gene'].map(gene_d)
df = df.set_index('gene', append=True)
产生的df：
A B C
chrom strand abs_pos gene
chrom1 - 1234 geneA 1 1 1
+ 5678 geneB 2 2 2
9876 geneC 3 3 3
chrom2 + 13579 geneD 4 4 4
8497 geneE 5 5 5
- 98765 geneF 6 6 6
76856 geneG 7 7 7
本文收集自互联网，转载请注明来源。
如有侵权，请联系 [email protected] 删除。
我来说两句