我想合并两个共享一些公共数据的文件。文件 1 包含的不仅仅是文件 2。我想根据文件 1 的顺序基于它们的共享列 (3) 合并文件，并且当文件 2 中不存在变量时，我想将 0 添加到第 5 列 (AN1)，如果存在，添加 AN1 的原始值（这是一个连续变量）。
我的文件如下所示：文件 1
CHR BP SNP CM base
10 99969507 rs35122894 0 0.23
10 99966455 rs17451447 0 1
10 99964768 rs72826281 0 0.43
10 9996313 rs111848993 0 0.01
档案 2
CHR BP SNP CM AN1
10 99969507 rs35122894 0 1.000000000000000
10 99966455 rs17451447 0 0.678999997353345
10 99964768 rs72826281 0 0.876534244415788
10 9996313 rs111848993 0 0.003456777789882
我想根据第 3 列（SNP）匹配它们。我现在想保留所有其他列。
我想要的输出看起来像这样：文件 3
CHR BP SNP CM base AN1
10 99969507 rs35122894 0 0.23 1.000000000000000
10 99966455 rs17451447 0 1 0.678999997353345
10 99964768 rs72826281 0 0.43 0.876534244415788
10 9996313 rs111848993 0 0.01 0.003456777789882
我试图用 awk 做到这一点：
awk 'NR==FNR{ snp[$3]; next }
{ $6=($3 in snp)?(FNR==?"AN1[$5]):"0" }1' file2 file1 > file3
awk 'NR==FNR{a[$3]=$5;next} {print $1,$2,a[$3],$4,$5,$6}' File2 File1 > file3
$ awk 'NR==FNR{an1[$3]=$5; next} {print $0, an1[$3]}' file2 file1
CHR BP SNP CM base AN1
10 99969507 rs35122894 0 0.23 1.000000000000000
10 99966455 rs17451447 0 1 0.678999997353345
10 99964768 rs72826281 0 0.43 0.876534244415788
10 9996313 rs111848993 0 0.01 0.003456777789882
如果根据您在问题下的评论，您想0在 SNP 值不在数组中时打印，则：
awk 'NR==FNR{an1[$3]=$5; next} {print $0, ($3 in an1 ? an1[$3] : 0)}' file2 file1
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