我创建了一个由三台机器组成的集群（aml1,2,3）。我可以从mpich安装中运行/ examples / cpi示例，并且所有三台计算机上的进程运行都没有问题。
我还可以运行需要多次运行的R脚本，这在doMPI文档中已进行了讨论-因此该脚本可以在所有群集上运行。
我的问题是，当我的R脚本的％dopar％之前的代码需要在master（aml1）上运行一次，并且％dopar％在群集（aml2，aml3）上运行时。它仅在主服务器上运行。而且doMPI表示Size of MPI universe: 0并且无法识别aml2或aml3。
例如：
跑步： mpirun -np 1 --hostfile ~/projects/hosts R --no-save -q < example6.R
（我的~/projects/hosts文件已定义为使用8个内核）
example6.R：
library(doMPI) #load doMPI library
cl <- startMPIcluster(verbose=TRUE)
#load data
#clean data
#perform some functions
#let's say I want to have this done in the script and only parallelize this
x <- foreach(seed=c(7, 11, 13), .combine="cbind") %dopar% {
set.seed(seed)
rnorm(3)
}
x
closeCluster(cl)
example6.R的输出：
Master processor name: aml1; nodename: aml1
Size of MPI universe: 0
Spawning 2 workers using the command:
/usr/lib64/R/bin/Rscript /usr/lib64/R/library/doMPI/RMPIworker.R WORKDIR=/home/spark LOGDIR=/home/spark MAXCORES=1 COMM=3 INTERCOMM=4 MTAG=10 WTAG=11 INCLUDEMASTER=TRUE BCAST=TRUE VERBOSE=TRUE
2 slaves are spawned successfully. 0 failed.
如果我定义，cl <- startMPIcluster(count=34, verbose=TRUE)我仍然得到以下信息，但至少我可以运行34个奴隶：
Master processor name: aml1; nodename: aml1
Size of MPI universe: 0
34 slaves are spawned successfully. 0 failed.
我该如何解决？我想运行R脚本，以便它在主服务器上运行第一部分，然后在集群上执行％dopar％。
谢谢！！
自上次更新以来，我尝试运行旧版本的OpenMPI：
[spark@aml1 ~]$ which mpirun
/opt/openmpi-1.8.8/bin/mpirun
对于@SteveWeston，我创建了以下脚本并运行它：
[spark@aml1 ~]$ cat sanity_check.R
library(Rmpi)
print(mpi.comm.rank(0))
mpi.quit()
具有以下输出：
[spark@aml1 ~]$ mpirun -np 3 --hostfile ~/projects/hosts R --slave -f sanity_check.R
FIPS mode initialized
master (rank 0, comm 1) of size 3 is running on: aml1
slave1 (rank 1, comm 1) of size 3 is running on: aml1
slave2 (rank 2, comm 1) of size 3 is running on: aml1
[1] 0
它只是挂在这里-没有任何反应。
我已经接受@SteveWeston的回答，因为它有助于我更好地理解我的原始问题。
我评论了他的回答，说我的R脚本挂起仍然有问题；这些脚本可以运行，但是它永远无法独立完成或关闭自己的集群，我必须使用ctrl-C杀死它。
我最终建立了一个nfs环境，在那里建立并安装了openmpi-1.10.5，并在那里也安装了我的R库。R分别安装在两台计算机上，但是它们在我的nfs目录中共享相同的库。以前，我已经在root用户下安装和管理了所有内容，包括R库（我知道）。我不确定这是否引起了并发症，但我的问题似乎已经解决。
[master@aml1 nfsshare]$ cat sanity_check.R
library(Rmpi)
print(mpi.comm.rank(0))
mpi.quit(save= "no")
[master@aml1 nfsshare]$ mpirun -np 3 --hostfile hosts R --slave -f sanity_check.R
FIPS mode initialized
[1] 1
[1] 0
[1] 2
# no need to ctrl-C here. It no longer hangs
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