来自fastq文件的edgeR进行的差异表达分析

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有一些植物,每种植物都有一些DNA序列数据(“ .fastq”文件),我们计划通过R在这些植物之间进行差异表达分析。但我是该领域的新手关于如何执行此操作的任何建议?

国际象棋

您应该阅读有关edgeR的文档:

  1. 将您的读物与STAR或TopHat2之类的内容对齐
  2. 将HTSeq-Count与参考注释一起使用以生成计数矩阵
  3. 将计数交给edgeR,它将进行差异测试

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http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf

有关示例,请参见第4.2节。

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