我有一个制表符受限格式的BLAST输出文件。像这样
p=BAC58264.1 CP014046.1 100.00 435 0 0 1 435 804117 8045 862
p=BAC58264.1 CP014046.1 100.00 160 0 0 3 372 444601 4443 32
p=BAC58264.1 BA000031.2 100.00 435 0 0 1 435 805024 371 862
我想像这样根据第3列
p=BAC58264.1 CP014046.1 100.00 435 0 0 1 435 804117 8045 862
p=BAC58264.1 BA000031.2 100.00 435 0 0 1 435 805024 371 862
我通常通过以下awk代码“ $ 4> = 435“> BLASTSORT来完成此操作
如何将这个awk代码合并到Perl程序中?
您最好在Perl中进行此操作,而不是只为进行一些简单的文本处理而启动一个全新的过程
我需要查看其余的Perl代码,以确保代码的确切样子,但是如果您正在逐行将文件读取到名为的变量中$line
,则可以执行此操作
my @fields = split ' ', $line;
print $line if $fields[3] >= 435;
如果您想显示您现有的Perl代码,那么我将对此进行完善
本文收集自互联网,转载请注明来源。
如有侵权,请联系 [email protected] 删除。
我来说两句