R BiocCheck:也许它们是装载有data()的数据集的一部分?

国际象棋

我从BiocCheck(对于生物导体)收到以下消息:

Checking to see if we understand object initialization....
* CONSIDER: Clarifying how objects ‘predict, qnorm, predict, lm,
  coef, nls, coef, head, tail’ (used in .fitCurve, .getLODR,
  .lm2str, .m2str, .plotSigmoid, estimateLOQ , estimateLOQ,
  plotROC, plotScatter) were initialized. Maybe they are part of a
  data set loaded with data(), or perhaps part of an object
  referenced in with() or within().

上面提到的两个功能:

.m2str <- function(m)
{
    eq <- substitute(italic(y) == a + b * italic(x)*','~~italic(r)^2~'='~r2, 
                 list(a  = format(coef(m)[1], digits = 2), 
                      b  = format(coef(m)[2], digits = 2), 
                      r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
    as.character(as.expression(eq));
}

.lm2str <- function(data)
{
    return (.m2str(lm(y~x, data)))
}

问:该消息是什么意思?

菲利普·马尚(Philippe Marchand)

您是否将这些函数编写为R软件包的一部分?当调用类似lm的函数时head,应指定这些函数源自哪个R包(例如writestats::lmutils::head)。通常应该对不是来自“ base”的任何功能执行此操作。

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