根据另一个文件的内容重命名文件

目录包含多个bam，对应的bam.bai文件以及以制表符分隔的matrixkey.txt。matrixkey在第一列中包含条形码，这些条形码也可以在bam / bai文件名中找到。

For example:   Barcode001    Sample1

我想使用条形码来匹配带有样品名称的文件（位于matrixkey的第二列），并将所有文件重命名为：'barcode'_'sampleid'.bam / bam.bai请看一下我的代码下面并提出改进建议。

该例程运行无错误，但文件未重命名。

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use File::Copy qw(move);

my $home="/data/";                                                     

my $bam_directory = $home."test_all_runs/Test_Runs";

my $matrix_key = $home."test_all_runs/Test_Runs/matrixkey.txt";

my @matrix_key = ();

open(TXT2, "$matrix_key");
        while (<TXT2>){  
                push (@matrix_key, $_);   
                }
close(TXT2);

my @bam_files = glob "$bam_directory/*.bam";
my @bai_files = glob "$bam_directory/*.bai";

for my $bam_file (@bam_files){

my $matrix_barcode = "";
my $matrix_sample_id = "";
        foreach (@matrix_key){
                chomp($_);
                my @matrix_key = split ("\t", $_);##  
                if (index ($bam_file,$matrix_key[0]) != -1) {
                  $matrix_barcode = $matrix_key[0]; print $matrix_key[0];
                  $matrix_sample_id = $matrix_key[1];
                  chomp $matrix_barcode;
                  chomp $matrix_sample_id;
                  move $bam_file, $bam_directory."/".$matrix_sample_id."_".$matrix_barcode.".bam";
                }       
        }

}