我正在尝试从此处为Docker安装PredictProtein 。PredictProtein使用的用于安装数据库的脚本会将数据下载为.txz
文件。
下载后,脚本将尝试解压缩文件。这将失败,并产生错误消息
/usr/local/bin/setupdb: line 15: xz: command not found
为什么会失败?我该如何解决呢?
我使用Docker版本17.12.1-ce; 我使用VirtualBox在Ubuntu 16.04.3 VM中运行它
脚本(在容器内复制)如下:
#!/bin/bash
if [ -d /usr/share/rostlab-data/ ]; then
echo "Removing current database..."
rm -rf /usr/share/rostlab-data/
fi
mkdir /usr/share/rostlab-data/
cd /usr/share/rostlab-data/
echo "Downloading database release..."
wget -O rostlab-data.txz "http://www.rostlab.org/services/ppmi/download_file?format=gzip&file_to_download=db"
echo "Extracting..."
xz -d rostlab-data.txz
tar xvf rostlab-data.tar
rm -f rostlab-data.tar
echo "Done."
由于未找到xz命令,因此可能未安装该工具。如果容器是基于ubuntu的(可能不是),则将其安装,这让我猜想它是基于alpine的。
尝试安装xz!
apk add xz
或者,如果您正在编辑Dockerfile,只需在文件的开头添加RUN语句即可。
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